系统结构设计者必须仔细地研究算法，以便了解怎样才能充分利用系统结构的高性能。系统结构设计者还需要了解各种应用问题，例如受浮点除速度限制的问题，受内排序限制的问题，受图象数据位变换的解释能力限制的问题等等。很多算法都有改进的余地，算法研究会大大提高系统的性能。
虽然我们不能期望计算机系统结构设计者进入应用领域并在这个领域的算法方面产生突破，但是系统结构设计者把一些基本算法修改成更适合于处理的形式是可能的。例如系统结构设计者可以把一个问题按新的方式划分，以便减小存储器工作区和减少所需的高速寄存器的数目。例如系统结构设计者可以找到构造问题的新方法，以便使它适合于并行的系统结构。 \r\n
系统结构设计者实际上既要研究算法又要研究系统结构。充分利用算法和系统结构两方面优势。